Rubicon血漿游離DNA檢測(cè)試劑盒ThruPLEX Plasma-seq Kit

Rubicon Genomics成立于2000年，總部位于美國(guó)密歇根州。該公司的核心競(jìng)爭(zhēng)力產(chǎn)品包括酶學(xué)、核酸化學(xué)、樣品的加工生產(chǎn)，該公司致力于創(chuàng)新、知識(shí)產(chǎn)權(quán)的發(fā)展和持續(xù)的產(chǎn)品開發(fā)。

Rubicon Genomics開發(fā)創(chuàng)新、高品質(zhì)的、核酸文庫(kù)的制備及配套產(chǎn)品，ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit能夠?qū)εR床樣本進(jìn)行簡(jiǎn)單、快速可靠和高靈敏度的分析。

RB4490 血漿游離DNA檢測(cè)試劑盒產(chǎn)品說(shuō)明：

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit基于ThruPLEX技術(shù)，并用于血漿來(lái)源cfDNA高品質(zhì)NGS文庫(kù)構(gòu)建。Rubicon血漿游離DNA檢測(cè)試劑盒ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit屬于胎兒染色體非整倍體檢測(cè)試劑盒，含有靶向基因檢測(cè)試劑，該試劑專門針對(duì)cfDNA進(jìn)行優(yōu)化，在保持樣本GC代表性的基礎(chǔ)上，提升了文庫(kù)的信息容量。文庫(kù)構(gòu)建后可用于CNV分析、全基因組測(cè)序分析或是采用一些panel針對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit應(yīng)用于無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測(cè)、腫瘤無(wú)創(chuàng)檢測(cè)、cfDNA血漿游離DNA檢測(cè) 。

血漿樣品采用ThruPLEX Plasma-seq試劑盒制備文庫(kù)，能有更好的靈敏度、更準(zhǔn)確的基因變異分析結(jié)果。與其它液態(tài)活檢的樣品一樣，血漿由于其易獲得、價(jià)值高的特點(diǎn)，深受研究腫瘤學(xué)或者孕婦血漿中胎兒游離DNA科研工作者的重視。

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit可與以雜交為基礎(chǔ)的靶序列富集系統(tǒng)組合使用。

1個(gè)反應(yīng)管、2小時(shí)、3步反應(yīng)的簡(jiǎn)單操作（其中手動(dòng)操作只需要15分鐘），無(wú)中間純化步驟，無(wú)樣品轉(zhuǎn)移是必要的，從而防止處理錯(cuò)誤和有價(jià)值樣品的損失。

RB4490 血漿游離DNA檢測(cè)試劑盒應(yīng)用：

• 胎兒染色體非整倍體檢
• 無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測(cè)
• 腫瘤無(wú)創(chuàng)檢測(cè)
• cfDNA血漿游離DNA檢測(cè)

RB4490 血漿游離DNA檢測(cè)試劑盒訂購(gòu)信息

品牌     Code No.  Takara No. 包裝量    產(chǎn)品名稱

Rubicon R400490     RB4490 12 Rxns  ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit

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提供產(chǎn)品：華雅干細(xì)胞致力于為中國(guó)干細(xì)胞領(lǐng)域的干細(xì)胞科學(xué)研究、臍帶血/造血干細(xì)胞/臍帶/脂肪/胎盤干細(xì)胞庫(kù)、干細(xì)胞臨床轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)、干細(xì)胞美容及干細(xì)胞抗衰老、免疫細(xì)胞治療、T細(xì)胞治療、臨床干細(xì)胞治療等再生醫(yī)學(xué)和個(gè)體化治療產(chǎn)業(yè)鏈的相關(guān)客戶提供：MSC間充質(zhì)干細(xì)胞培養(yǎng)基、iPS/ES胚胎干細(xì)胞培養(yǎng)基、血清替代物、羊水培養(yǎng)基、基底膜基質(zhì)膠細(xì)胞支架、干細(xì)胞生長(zhǎng)分化調(diào)控因子、BioMarker 流式檢測(cè)抗體、支原體檢測(cè)試劑盒、內(nèi)毒素檢測(cè)試劑盒、干細(xì)胞存儲(chǔ)細(xì)胞凍存袋、細(xì)胞培養(yǎng)瓶、USP級(jí)DMSO二甲基亞砜細(xì)胞凍存液、細(xì)胞培養(yǎng)相關(guān)試劑耗材儀器等種類豐富的產(chǎn)品，以“Focus on improving the quality of Stem Cells專注干細(xì)胞研究，提升干細(xì)胞品質(zhì)”為己任，我們與客戶攜手為中國(guó)干細(xì)胞產(chǎn)業(yè)的發(fā)展而前行。

RB4490 血漿游離DNA檢測(cè)試劑盒產(chǎn)品組成

• 模板準(zhǔn)備緩沖液（紅色）
• 模板準(zhǔn)備酶（紅色）
• 文庫(kù)合成緩沖液（黃色）
• 文庫(kù)合成酶（黃色）
• 文庫(kù)擴(kuò)增緩沖液（綠色）
• 文庫(kù)擴(kuò)增酶（綠色）
• 無(wú)核酸酶水
• 索引試劑（藍(lán)色）
• 使用方法

RB4490 血漿游離DNA檢測(cè)試劑盒原理

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit基于Rubicon Genomics的ThruPLEX技術(shù)，含有靶向基因檢測(cè)試劑。與其它基于Y型適配器連接的NGS圖書館準(zhǔn)備工具不同，ThruPLEX使用莖環(huán)適配器在快速高效的工作流程中構(gòu)建高質(zhì)量的庫(kù)。在*步，模板制備時(shí)，修復(fù)無(wú)細(xì)胞DNA（cfDNA）并產(chǎn)生具有鈍端的分子。在下一步中，具有封閉的5'端的銜接子以高效率連接到cfDNA的5'末端，留下切口目標(biāo)片段的3'末端。適配器不具有單鏈突出端并被阻止相互結(jié)合，這兩者都有助于與許多其他NGS發(fā)現(xiàn)的非特異性背景準(zhǔn)備工作。在zui后一步中，擴(kuò)增cfDNA的3'末端以完成文庫(kù)合成和光合作用索引通過(guò)高保真放大增加。任何剩余的免費(fèi)適配器被銷毀。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit通過(guò)使用單管協(xié)議并消除實(shí)際操作時(shí)間和污染風(fēng)險(xiǎn)zui小化。

Rubicon血漿游離DNA檢測(cè)試劑盒ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit屬于胎兒染色體非整倍體檢測(cè)試劑盒，含有靶向基因檢測(cè)試劑，適用于無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測(cè)、腫瘤無(wú)創(chuàng)檢測(cè)、cfDNA血漿游離DNA檢測(cè)。

RB4490 血漿游離DNA檢測(cè)試劑盒工作流程：

• 模板準(zhǔn)備有效修復(fù)輸入的無(wú)細(xì)胞DNA；
• 用于連接Rubicon Genomics的莖環(huán)適配器的文庫(kù)合成；
• 用于擴(kuò)展模板的庫(kù)擴(kuò)增，莖環(huán)接頭的切割以及放大文庫(kù)，還使用高保真度引入與Illumina兼容的索引，低偏差DNA聚合酶。  

圖1. ThruPLEX^® 技術(shù)概要。

（*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.）

ThruPLEX Plasma-seq Kit技術(shù)3步反應(yīng)即可完成針對(duì)cell free DNA的建庫(kù)工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進(jìn)行末端修復(fù)。通過(guò)采用莖環(huán)形接頭（無(wú)單鏈尾巴）進(jìn)行高效平端連接，降低了背景。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成。隨后未使用的接頭被降解，進(jìn)一步降低背景。高保真度擴(kuò)增的方式完成以上反應(yīng)，并獲得含有illumina index的文庫(kù)。

圖2. 高cfDNA文庫(kù)多樣性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit構(gòu)建的文庫(kù)，具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads。

（*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.）

圖中針對(duì)0.1ng、1ng、30ng的cell-free DNA，使用ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit、A公司試劑盒和C公司試劑盒制備文庫(kù)，文庫(kù)定量采用Qubit熒光定量。Bioanalyzer測(cè)定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測(cè)序，每個(gè)樣品得到約17-25 M read(PE)。每個(gè)文庫(kù)在down-sampling數(shù)據(jù)至17 M reads以后，計(jì)算Duplication rates。重復(fù)read比例以每個(gè)樣品17M計(jì)算。

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit與其他公司試劑盒相比，針對(duì)不同input量，使用本試劑盒制備的文庫(kù)相比其他公司試劑盒制備的文庫(kù)，本試劑盒制備的文庫(kù)的多樣性（左圖）是zui高的，重復(fù)read的比例（中間圖）、unmapped read的比例（右圖）較其他公司低。通過(guò)使用本試劑盒，input量很低時(shí)也可制備得到高品質(zhì)的文庫(kù)。在無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測(cè)、腫瘤無(wú)創(chuàng)檢測(cè)、cfDNA血漿游離DNA檢測(cè)等領(lǐng)域ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit優(yōu)于其他產(chǎn)品，深受胎兒染色體非整倍體檢測(cè)和腫瘤學(xué)科研工作者的重視。

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圖3. 優(yōu)異的靶向測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建能力。

（*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.）

圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫(kù)通過(guò)panel進(jìn)行高效捕獲，對(duì)kinome進(jìn)行深度測(cè)序分析以檢測(cè)突變。分別以5 ng、6.5 ng、10 ng 3個(gè)血漿樣品為起始建庫(kù)量，三次重復(fù)。目標(biāo)區(qū)域經(jīng)SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進(jìn)行捕獲，并用Illumina Miseq平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序，每個(gè)文庫(kù)約獲得5 M reads，目標(biāo)堿基被成功捕獲分析。在30x覆蓋度時(shí)，平均77%的堿基被覆蓋。 

圖4. 高重復(fù)性的、無(wú)偏倚的GC覆蓋度。

（*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.）

針對(duì)人類基因組，ThruPLEX Plasma-seq Kit表現(xiàn)出高再現(xiàn)性、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫(kù)構(gòu)建能力。9次獨(dú)立的血漿樣品文庫(kù)構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，ThruPLEX重復(fù)性高于其它產(chǎn)品。文庫(kù)的制備是利用的1 mL血漿來(lái)源cfDNA，后續(xù)采用illumina NextSeq 500進(jìn)行測(cè)序。作為對(duì)比，NEBNext Ultra構(gòu)建了4份獨(dú)立血漿樣品的文庫(kù)。

圖5. Karolinska協(xié)會(huì)和CRUK測(cè)試的結(jié)果。

（*以上數(shù)據(jù)來(lái)源于Karolinska 協(xié)會(huì)，瑞典）

5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進(jìn)行illumina文庫(kù)構(gòu)建。結(jié)果表明利用Hiseq平臺(tái)進(jìn)行的Low-pass WGS,每個(gè)文庫(kù)能獲得接近12.5 M reads。深受無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測(cè)、腫瘤無(wú)創(chuàng)檢測(cè)、cfDNA血漿游離DNA檢測(cè)科研工作者的重視。 

ThruPLEX® Plasma-seq Kit 胎兒染色體非整倍體檢測(cè)試劑盒

• 專為cfDNA設(shè)計(jì)：經(jīng)過(guò)優(yōu)化的修復(fù)及連接試劑
• 高品質(zhì)NGS文庫(kù)：在寬廣的GC含量范圍內(nèi)，可以達(dá)到高檢測(cè)再現(xiàn)性
• 起始量范圍廣：＜1 ng到30 ng cfDNA量
• 快速簡(jiǎn)便：無(wú)需純化或樣品轉(zhuǎn)移的單管、2小時(shí)、3步操作步驟
• 應(yīng)用領(lǐng)域：液態(tài)活檢、ctDNA、目標(biāo)區(qū)域測(cè)序等領(lǐng)域文庫(kù)構(gòu)建
• 兼容自動(dòng)化平臺(tái)：Beckman® FXP Workstation
• Rubicon RB4490/R400490 ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit 血漿游離DNA測(cè)序試劑盒應(yīng)用于：胎兒染色體非整倍體檢測(cè)試劑盒、無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測(cè)、腫瘤無(wú)創(chuàng)檢測(cè)、cfDNA血漿游離DNA檢測(cè) 、靶向基因檢測(cè)試劑。

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